Rinnegan jest ograniczeniem więzów krwi Rokudou Sennina i jego potomków. Rokudou został zapamiętany jako oryginalny shinobi, a jego doujutsu było uważane za najczcigodniejsze pośród trzech wielkich technik wzrokowych. Zostało powiedziane, że ten osobliwy shindobi wykreował współczesne Ninjutsu. Rinnegan został okrzyknięty boskim tworem, który mógłby rozpętać chaos i obrócić wszystko w nicość. Podobno użycie Rinnegana wiązało się z panowaniem nad wszystkimi sześcioma formami manipulacji naturą chakry.

Aktualnie, prawdziwy stopień zdolności Rinnegana nie jest znany. Sierota z Wioski Deszczu, Nagato był dziedzicem Doujutsu i użył go nieświadomie, gdy był pełen gniewu i strachu. Wszedł w stan szaleństwa i zdołał pokonać o wiele silniejszego przeciwnika. Być może dzięki tej umięjętności, nie przegrał żadnej walki jak "Pain", lider rebeliantów Wioski Deszczu i przywódcy Akatsuki. Nagato pod postacią "Paina" posiada również zdolność przechodzenia pomiędy sześcioma różnymi ciałami. Każde ciało, którym manipuluje Nagato też włada Rinneganem. Gdy Pain wzywa inne ciała do walki, każdy gospodarz Doujutsu ma ten sam punkt widzenia. To co widzi Pain, jego wszystkie ciała również to dostrzegają, nawet jeśli ich wzrok jest uszkodzony. Przez powiększanie liczby ciał godpodarza Rinnegana, Pain zwiększa swój zasięg widzenia, eliminując potencjalne martwe punkty.

Zdolność Nagato, przechodzenia między ciałami prawdopodobnie uzyska nazwę "Transmigracji. Jest to cykl reinkarnaci i odrodzenia spotykany w Hinduizmie i Buddyzmie. W Kosmologii istnieje sześć stanów odrodzenia, reprezentując wszystkie dobre i złe możliwości życia.